Das im Kanton Schaffhausen anfallende Abwasser wird in zwei kommunalen und fünf Verbandskläranlagen gereinigt. Die ARA sind auf eine Ausbaugrösse zwischen 350 und 145’000 Einwohnergleichwerte dimensioniert. Das Abwasser von zwei Schaffhauser Gemeinden und vier Ortsteilen wird in deutschen ARA gereinigt. Umgekehrt beträgt der Abwasseranteil aus Deutschland in der grössten Schaffhauser ARA 90%. Schaffhauser ARA reinigen zudem das Abwasser einer weiteren deutschen Gemeinde, drei Gemeinden aus dem Kanton Zürich und vier Gemeinden aus dem Kanton Thurgau. Täglich fallen im Kanton Schaffhausen ca. 100'000 m3 Abwasser an, die gesammelt, transportiert und gereinigt werden müssen. Alle ARA entfernen die organischen Schmutzstoffe, die Nährstoffe Stickstoff und Phosphor. In den kommenden Jahren werden zwei Schaffhauser ARA mit einer 4. Reinigungsstufe zur Elimination der Mikroverunreinigungen erweitert. 40 bis 50 private Kleinkläranlagen reinigen das Abwasser von abgelegenen Bauten.